Ja, mühselig und zeitraubend - und funktioniert nur eben leider auch oft nicht (abhängig von den verwendeten intern gepackten Codecs), weil die mkv-Datei schon beim Einlesen nicht sauber geparsed werden kann und nur Fehlermeldungen ausspuckt.
Diese "Handarbeit" ist übrigens auch nix anderes als das, was moderne Encoder wie der MediaCoder komplett intern abarbeiten. Der hat nämlich die ganzen einzelnen Tools integriert. Die mkv läuft durch den Splitter, dann lässt sich getrennt die Videospur mit diversen internen Tools beliebig konvertieren, die Audiospur ebenso und anschliessend wird das Ganze wieder zusammengemuxt und als z.B. avi ausgegeben. Klappt eben nur leider nicht immer.
Bei älteren mkvs ging das wie gesagt alles noch (auch in Handarbeit), bei den neuen diversen Codecs nicht mehr.