Ist durch FFmpeg vielleicht nicht so deutlich, aber natürlich hatte ich mir zum Testen eine Matroska-Datei mit deinen Killercodecs erstellt und auch anstandslos wieder zurück wandeln können. Die paar Filter (so nennen sich die "Tools" übrigens) auszuwählen war kaum ein großer Aufwand. Abgesehen davon, einem geklauten Gaul schaut man doch nicht ins Maul.

Einen entscheidenden Vorteil hat die Handarbeit auf jeden Fall, dort kann man notfalls sämtliche vorhandene Filter ausprobieren bis man einen für den Fall passenden findet. Normale Programme lassen die Graphen mehr oder weniger komplett durch das "Intelligent Connect" von DShow erstellen. Na ja, was man von intelligenten Design zu halten hat, ist sicher klar.
Untertitel könnten ein Problem sein, wenn die nicht abgefangen werden, geht es gleich schief, der Filter, der sich bei AVIs um diese kümmert, versteht die von Matroska nicht.
Abgesehen von DRM-Späßchen müsste sich jede Mediendatei, die z.B. im Media Player läuft auch beliebig umwandeln lassen, die Renderer fliegen halt raus, dafür kommen Kodierer, Muxer und Writer rein. Für die Pins an der Stelle ist es egal, was als nächstes kommt.
Wenn man erst mal einen funktionierenden Graphen hat, könnte man den dann im Zweifel auch noch verprogrammeln.