Probieren geht über Studieren - warum nicht? Für einen Test sollte aber erst mal eine Datei reichen.
Ein Muxer ist etwas anderes als ein Splitter und FFmpeg muss bzw. kann man auch nicht zu Kodieren verwenden. Für das Umwandeln nach AVI ist keiner der Filter verwendet worden, der zum Erstellen der Matroskadatei im Einsatz war.