Zunächst einmal bedeutet "Lock Mousepointer" lediglich, dass der Mauszeiger (je nach DOSBox-Version) entweder direkt aktiv ist oder aber bereits durch einen Mausklick auf das Fenster aktiviert wird (ansonsten benötigt es CTRL-F10).

Dein Mauszeiger-Problem kann ich hingegen nicht replizieren. Ist das immer? Oder kommt es erst ab einer gewissen Zeit?