Vista. Ganz klar.

Aber im Ernst: Vista ist echt nicht so das Gelbe. Ähnlich wie damals Windows Millenium ist Vista ein Bastardsystem, das wohl schnell wieder vergessen sein wird.
Windows 7 macht in der jetzigen Beta-version schon eine viel bessee Figur als Vista. Für den Moment würde ich noch auf XP bleiben.

Nichtsdestotrotz hilft dir das überhaupt nicht. Tatsache ist, dass DOSBox ein erstaunlich sauber programmiertes Stück Software ist das sehr gut funktioniert.
Die Probleme, die du beschreibst sind allerdings selbst für Vista äusserst seltsam. Ich tippe da eher auf eine verkorkste Vorinstallation (das Recovery).

Schau doch mal im Geräte Manager nach, ob da eventuell nicht erkannte oder mit Fragezeichen versehene Geräte sind. Dann wirf die mal raus und starte neu.

Ein Tipp: Mach dir von Stonekeep ein Image und mounte das in DOSBox (steht auch weiter oben und im DOSBox-Thread beschrieben). Das ist schneller und kompatibler - und du musst die CD nicht immer hervorkramen.