Les livres qui ont de l'importance dans une ou l'autre quête sont indestructibles, donc ne t'en fais pas pour ça : tu peux parfaitement détruire un livre après l'avoir lu (même si j'essayais d'en garder un maximum pour la collection ^^)
Les formules de potion te servent en effet pour faire faire des potions à l'arbre, mais aussi à ton alchimiste quand tu auras conquis la Tour de Guerre. Pareil pour les formules de charme, qui servent de mode d'emploi aux enchanteurs d'équipement.
C'est exact : les gemmes/pierres sont les ingrédients de base des charmes, de la même manière que les plantes sont ceux des potions
Si ça peut te rassurer, tes problèmes de capacité s'envoleront avec la Tour de Guerre : t'auras un coffre où ranger tout ce qui ne te sert plus !