In Boratus' Keller gibt es drei Zellen, die man mit den Schlüsseln aus dem Tisch aufschließen kann - siehe
hier. Steht die Orgel in einer dieser Zellen? Wenn ja, kommt man auch hin.
Höhlen, Keller usw. befinden sich auf einer großen Karte und man kann oft in andere Höhlen schauen, wenn man ein bisschen scrollt. Diese Höhlen müssen nicht benachbart sein; die Platzierung der Ein- und Ausgänge auf der Karte entspricht nicht immer den Positionen an der Erdoberfläche. Es gibt auch mehrere Orte, an die man normalerweise nicht gelangen kann, weil sie vor Veröffentlichung des Spiels nicht fertig wurden und daher nicht zugänglich gemacht wurden. An einigen wenigen Stellen kann man jedoch durch die Wände in den schwarzen Bereich der Karte laufen (ein Bug) und so zu anderen Höhlen oder Kellern gelangen. Außerdem kann man seinen Charakter durch Manipulation der Spielstandsdatei an andere Orte versetzen und so Dinge entdecken, die normalerweise nicht zu erreichen sind.
Ob irgendwo im normal zugänglichen Bereich eine Orgel herumsteht, weiß ich nicht mehr. Hast du vielleicht ein Bildschirmfoto davon? Dann ließe sich das Gebiet eventuell anhand anderer Merkmale wiedererkennen.