Über Partitionen kann man lange Diskutieren. Die einen finden sie einfach toll, wegen der Ordnung und so und die anderen finden es einfach nur doof.
Ich persönlich habe nur eine Partition pro Festplatte.
Was die Neuinstallation von Windows 98 angeht, so würde ich es folgendermassen machen:
Ich würde mir zunächst einmal eine neue Festplatte kaufen. Eine richtig grosse (kosten ja nichts mehr. Dort drauf würde ich Win98 installieren und alle Programme. Ganz sauber. Die zweite Platte würde ich dann als Datenplatte in meinem Rechner lassen (aber dann halt als Slave angehängt). Dort würde ich dann per Hand das Windows- und Programme-Verzeichnis rausputzen.
Wenn ich mich nicht irre (Win98 liegt schon eine Weile zurück), macht Windows 98 im Gegensatz zu 200 und XP niemals eine "Neuinstallation" (im Sinne von "löscht alle alten Betriebssystemdatein und installiert neue), sondern einfach eine "Drüberinstallation". Dabei wird der ganze Müll (soweit ich im erinnere auch die alte Registry) behalten.
