Was für Laufwerke? IDE oder SATA? Beim Kaltstart oder Reset?
Gerade bei SATA-Laufwerken hab ich oft festgestellt, dass die wirklich erst mal komplett aus sein müssen bevor der Rechner wieder findet, also ein Reset oder Ausschalten von weniger als 20 Sekunden immer zu Problemen führt.

Oder kannst Du im Bios ein paar Wartezyklen aktivieren? Bei meinem SCSI-Controller konnte ich das immer machen wenn ich wusste, dass manche Laufwerke einfach etwas länger brauchen bis sie erkannt werden können.

Bei PATA kann es auch ein zu langes Kabel sein. Manchmal wollen die Dinger auch nur dann, wenn der Master wirklich am Ende des Kabels sitzt. Oder es ist wie bei meinem alten Rechner, bei dem der IDE-Controller auf dem Board einfach so langsam gestorben ist, gefolgt vom USB-Controller.