Keine Sorge, Acronis (und Ghost) sind recht intelligent.
Du kannst frei auswählen welche Partitionen (oder eben alles) du sichern/wiederherstellen willst.
Du bekommst auch die gelegenheit, frei zu entscheiden, wie gross die Partitionen auf der neuen Platte sein sollen. So lange genug Platz für die Daten ist, darf es auch eine kleinere Platte sein. Bei einer grösseren wird halt der leere Rest (wenn du das willst) auf die verschiedenen Partitionen verteilt, kann aber auch manuell eingestellt werden.